V Tatrách evidujeme okolo 1400 druhov rastlín, medzi nimi aj relikty a endemity.
- Relikty treťohôr (glaciálne relikty z doby ľadovej) sú napríklad prvosienka pomúčená (Primula farinosa), stračonôžka tatranská (Delphinium oxysepallum), dryádka osemlupienková (Dryas octopetala), medvedík alpínsky (Arctous alpina), iskerník zakoreňujúci (Ranunculus reptans)
- medzi endemity patria: prvosienka dlhokvetá širokolistá/plocholistá (Primula halleri subsp. platyphyla), ostropysk poľný tatranský (Oxytropis camoperstris ssp. tatrae), iskerník vysokotatranský (Ranunculus altitatrensis), očianka bezosťová (Euphrasia exaristata).
- západokarpatské endemity: lomikameň trváci (Saxifraga wahlenbergii), stračonôžka tatranská (Delphinium oxysepallum), klinček lesklý (Dianthus nitidus), mak tatranský (Papaver tatricum).
Väčšina územia TANAP-u a TPN-u je pokrytá ihličnatými lesmi, vo vysokých polohách kosodrevinou (Pinus mugo) a v najvyšších sa už žiadne lesy nevyskytujú.